Donnant sur les rives de la Nive, l’ancienne église Notre-Dame du Bout du Pont est intégrée au rempart de la ville et son clocher surmonte la porte de ville. On y accède notamment par le pont Notre-Dame, aussi appelé pont romain.
La tradition jacquaire est omniprésente à Saint-Jean-Pied-de-Port. L’église fut construite au XIIIe siècle et remaniée au XIVe siècle et se situaient dans le prolongement de l’hôpital Sainte-Marie situé dans une maison accolée au clocher. L’hôpital et l’église composaient un même ensemble. Leur vocation était autant d’accueillir les pèlerins que les pauvres.
La Porte de Navarre qui supporte le clocher donne sur le parvis de l’église et donne accès par un escalier au chemin de ronde. En face on retrouve le mur pignon de l’église avec son oculus. L’église a été endommagée pendant les guerres de religions. Son architecture d’origine romane est bâtie dans un style gothique (XIVe s). La nef comprend deux vas-côtés, deux étages de tribunes et des piliers dans un ensemble privé de décors.
Au XIXe fut installé un orgue réalisé par Vincent Cavaillé-Coll. Il a été restauré entre 2002 et 2004. On le surmonta à l’issue de la restauration de la statue de Saint François-Xavier, patron de la Navarre.
Vue du clocher avec le pont romain