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Le fort est construit en 1586 par le vicomte de Joyeuse, Guillaume de Joyeuse. Le rocher ne doit pas servir de  point d’appui aux espagnols lors des guerres de religion. Il servira aussi comme un point d’appuis que quelques bandes de pirates  et notamment un certain “Barberoussette”.

A l’origine, la position est de taille très réduite. Le fort est étendu entre 1604 et 1605 puis en 1610. ; il fut augmenté en 1604-1605 puis en 1610. Il n’y a au final que peu de traces dans la littérature de ce premier fort dont on ne connait véritablement l’architecture. On estime que le fort de limitait à quelques tours reliées par des murailles.

La destruction du fort fut ordonnée par le roi le 1er octobre 1632 par Richelieu après qu’une révolte ait été formentée contre ce dernier. A cette occasion le  duc Henri II de Montmorency fut capturé (1^er septembre 1632). En 1634, les travaux de destruction n’avaient guère avancé et furent stoppé par les travaux d’aménagement d’un port entre le cap et le rocher situé à l’ouest.

Le fort est remanié durant le dernier quart du XVII^e siècle dans un style Vauban, même si celle construction ne lui est pas directement attribuée.

En 1687, l’intendant du Languedoc, Nicolas de Lamoignon de Basville, y fit incarcérer  vingt-deux huguenots cévenols pendant trois semaines avant de les faire déporter sur des plages italiennes près de Gênes. Au début du XVIIIe siècle , des protestants y furent aussi enfermés et notamment  Étienne Durand, le père de Marie Durand, la plus célèbre prisonnière de la tour Constance.

La prison du fort accueilli des prisonniers jusqu’à la Révolution. Mais certaines sources précisent qu’il y aurait eu des prisonniers au moins jusqu’en 1851 voire 1854.

Entre la fin 1942 et le printemps 1944, le fort est occupé par les forces allemandes. Ils aménageront le fort pour l’intégrer au mur Sud de leur défense (Südwall).

Le fort adopte une architecture bastionnée. Mais contrairement à la construction « habituelle » des fort Vauban, son architecture est très irrégulière probablement pour épouser au mieux la forme du rocher. Les  Bastion Saint-Antoine et le Bastion Saint-André sont reliés par une courtine renforcée par la Tour Sainte-Anne.  Cette tour serait le plus ancien vestige du premier fort construit au XVIe siècle.

Entre le Bastion royal et le Bastion St André au Nord-Ouest, on retrouve une demi lune qui protège l’entrée. Elle est prolongée par une jetée qui permet aux bateaux d’accoster.

A l’Est, entre  le Bastion Royal et le Bastion Sainte-Anne, s’étend une petite plage seul point d’accès facile au fort.

A l’intérieur du fort derrière une muraille on retrouvait  cinq bâtiments  : trois pavillons, un arsenal et une caserne. Par rapport aux construction d’origine on estime que les bâtiment  devaient avoir un à deux étages supplémentaires aujourd’hui rasés. Un chemin de ronde suit le tracé des remparts. Dans ces bâtiments étaient répartis une boulangerie, un cellier, une cantine et la chapelle avec un tout petit cimetière. Sur le Bastion Sainte-Anne, une grosse tour devait être présent dans laquelle se trouvaient les cachots.

La maison du gardien du phare, construite durant l’époque moderne, a remplacé la maison du gouverneur.

On retrouve sur l’île de Brescou dans l’enceinte du fort deux phares. Le premier a été construit à partir du XVIe siècle. Il s’agit d’une tour en pierre surlaquelle on allumait un feu/

Le second est plus récent et a été construit en 1836 sur les fondations de la grosse tour qu’il y avait à l’ouest de l’île. D’une hauteur de 9m il fur réhaussé à 11h20 en 1901 puis plus récemment il pris 12m de hauteur supplémentaire pour pointer aujourd’hui à 22m e haut. Sa portée est de 13 milles marins.

Jusqu’en 1989, les gardiens habitaient dans l’ile avec leur famille. Jusqu’au déclassement du fort, les militaires assuraient le maintien opérationnel des phares. Aujourd’hui, ils sont totalement automatisés et ne sont plus gardiennés.