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Au coeur du plus bel exemple de reculée, Baume-les-Messieurs est un site occupé depuis la préhistoire. Mais ce n’est que vers 888 qu’on a la première trace avérée de l’Abbaye qui porte alors le nom de Baume-les-Moines. L’origine mérovingienne semble aujourd’hui attestée par de récentes fouilles.

L’arrivée sur le site de Baume-les-Messieurs depuis le plateau sur surplombe la reculée propose un spectacle majestueux. Au milieu du cirque s’impose cette petite bourgade qui a conservé une partie de son architecture médiévale.

Occupé depuis la préhistoire, le site de Baume-les-Messieurs comporte des vestiges d’abris sous roche, de mobilier protohistorique et gallo-romain. L’histoire du site entre l’époque romaine et le début du Moyen-Age est très méconnue même si des fouilles menées entre fin 2011 et le début 2012 laisse présager une occupation bien antérieure au IXe siècle.

Pourtant ce n’est qu’en 888 qu’on obtient la première trace écrite de l’abbaye . A cette époque le roi de Provence Rodolphe Ier fait don de la cella de Beaume à un aristocrate bourguignon nommé Bernon. Ce dernier a déjà fondé une abbaye à Gigny sur Duran où il fait appliquer la règle de Saint-Benoit. Le monastère de Beaume voit son rayonnement accru et c’est en 909 ou 910 que l’histoire et la légende se confondent. Selon la tradition, Bernon part fonder avec six moines de Gigny et six moines de Baume, à la demande Guillaume d’Aquitaine, l’abbaye de Cluny.

La reforme grégorienne du XIe siècle qui prône l’abandon de ses biens religieux au profil de l’église, profite à l’Abbaye de Baume-les-Moine qui reçoit de nombreux dons est très prospère. Au XIIe siècle, 40 moines occupent l’abbaye qui gère par ailleurs une centaine de dépendances et de nombreux territoires. Dans le diocèse de Besançon, l’abbaye de Baume est l’une des plus florissantes et influentes.

Au XIIe siècle, la rivalité entre les abbaye de Cluny et de Baume s’inscrit dans celle qui oppose le comte de Bourgogne, Frédéric Barberousse et le pape qui soutien Cluny. L’empereur Barberousse érige l’abbaye au titre d’abbaye impériale en 1157. Soumis à la papauté en 1177, Barberousse voit son abbaye revenir sous le giron de Cluny perdant de fait son titre. Il faudra cependant un siècle pour qu’un compromis sous trouvé entre Cluny, qui voulait réduite Baume au rang de prieuré, et l’abbaye de Baume. Elle conserve finalement son titre d’abbaye mais au troisième rang derrière Cluny et Moissac.

Passé au XVe sous le régime de la commende, l’abbaye n’occupera plus un rôle majeur. Quelques abbés s’illustreront tel  Amé de Chalon, Guillaume de Poupet et Jean de Watteville, qui contribuera au rattachement de la Franche-Comté à la France. Disposant de moyens financiers personnels importants, les abbés tombent dans le luxe et le confort. La discipline se réduit. En 1759, l’abbaye est sécularisée, Baume-les-Moines devient Baume-les-Messieurs.

En 1789, l’abbaye ne compte plus que dix chanoines. Déclarée bien national, l’abbaye est vendue à la découpe aux villageois. L’église abbatiale devient  l’église paroissiale,  l’église Saint Jean à l’entrée du village étant jugée trop petite.

Pendant la période troublée de la révolution, la commune sera temporairement renommée Baume-le-Jura.

Patrimoine religieux

• Abbaye Saint-Pierre XIe siècle. classement partiel au titre des monuments historiques depuis 1862 et d’inscriptions depuis 1929 et 1933.
• Chapelle Notre-Dame.
• Chapelle Gindre XIXe siècle, située au lieu-dit Roche.
• Croix de La Peyrouse (cimetière) (XVe siècle). Site inscrit depuis 1964
• Croix du Pré Saint-Jean (XVIe siècle), classée MH depuis 1907, avec la fontaine attenante.
• Croix du Pois (XVIe siècle et XIXe siècle), située au Pré Saint-Jean, et classée MH depuis 1907. Le site est également inscrit depuis 1964.
• Église Saint-Jean-Baptiste. Située à l’entrée de la commune, au lieu-dit La Peyrouse. Elle fait l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques depuis 1998
• Oratoire de la Toupe (XIXe siècle). Le site est inscrit depuis 1964.
• Oratoire du Champ du Bri (XIXe siècle). Le site est inscrit depuis 1964.

• Patrimoine civil

• Fermes du XVIe siècle au XVIIIe siècle. Le site est inscrit à l’IGPC depuis 1964.
• Manoir (XVe siècle). Le site est inscrit à l’IGPC depuis 1964.
• Pont de La Peyrouse, sur la Seille (XIXe siècle). Le site est inscrit à l’IGPC depuis 1964.
• Ponts de Favroz, sur la Seille (XIXe siècle). Le premier fait l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques depuis 1929. Les sont son inscrits et à l’IGPC depuis 1964.
• Vieux pont sur la Seille (XIIIe siècle). Il fait l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques depuis 1929.

Patrimoine naturel

• Cirque, classé *** et Natura2000 avec sa reculée avec les cascades des Tufs et ses grottes.