Elément important des grandes places fortes françaises, la chapelle adopte en général un style sobre et dépouillé dans un tel contexte. La Chapelle de la citadelle de Besançon n’y déroge pas.
Dans la Citadelle de Besançon, la Chapelle Saint-Etienne occupe une place centrale dans la place forte à proximité du puits.
Construite en 1683, elle est dédiée à Saint-Etienne, premier martyr de la Chrétienté, en mémoire de la Cathédrale Saint-Etienne construite au XIe siècle et incendiées en 1674. On y trouvait la relique du bras du martyr. La Chapelle serait construite à proximité du lieu de la Cathédrale détruite, consacrée par Léon IX édifice le 3 octobre 1050.
Elle est classée aux Monuments Historiques depuis le 8 juin 1842 avec les autres bâtiments de la Citadelle.
